故事讲述了主人公奇奇，小雨和岚岚跟着新来的生物老师杨教授一起探寻美丽的生物世界，穿梭在生物王国中，学习各种生物知识，还了解到了生物不仅是存在在自然界的奇迹，还启发了人类模仿生物制造了各种建筑和工具。

故事接第一季剧情，围绕主人公鸿烈、黎祁、鸡鸣、狗跳一行四人进入淮南子世界寻找爷爷的主线展开。在神奇的淮南子世界中，主人公见证了治水的大禹用仁爱之心平息部落间的纷争，帮助努力奋进的赛车手尹需实现梦想，与嫦娥、后羿并肩战斗消灭危害人间的火鸟，和幻化成人形的影子成为朋友，表演俳优戏、学做锻钩、看到沧海桑田的变化……一段段传奇经历使鸿烈和他的朋友们懂得了人与自然、人与人和谐相处的真谛。

描写了以马鸣加为主角的低年级小学生的校园生活和趣事，例如初上学的新奇，趴在地上学小猫喝水，怎样和同桌女孩从冤家变成朋友，既盼望假期又期盼开学的矛盾等，诠释了孩子们平常而有趣、单纯而快乐的真实生活，以及成长所必须经历的种种苦恼。